НЕЦУ веде моніторинг порушень природоохоронного законодавства на землях природно-заповідного фонду у різних регіонах України та активно добивається притягнення порушників до відповідальності.

НЕЦУ активно веде роботи по виявленню територій, перспективних до заповідання, готує відповідні наукові обґрунтування та лобіює прийняття рішень по оголошенню цих територій об’єктами природно-заповідного фонду. Лише на Київщині ведеться робота над створенням понад як 50 природно-заповідних територій. НЕЦУ є ініціатором створення національного природного парку «Подесіння», який має включити більшу частину заплавних земель р.Десна у Київській та Чернігівській областях (понад 400 000 га).

НЕЦУ активно залучений у довготривалих кампаніях по захисту визначних природно-заповідних територій України. Серед них – регіональні ландшафтні парки «Кінбурнська коса» та «Гранітно-Степове Побужжя», національні природні парки «Гомільшанські ліси», «Гуцульщина», «Голосіївський» та Дунайський біосферний заповідник.